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Fondato nel 1257 sotto Papa Alessandro IV, grazie all'azione del francescano e penitenziere apostolico Mansueto Tanganelli, l'ospedale pisano accorpò vari ospedali di chiese e conventi. Detto anche "Nuovo", "di Papa Alessandro" o "della Misericordia", prese poi il nome della vicina chiesa di Santa Chiara, con amministrazione autonoma affidata a frati agostiniani. Con bolla pontificia del 24 giugno 1258 veniva altresì autorizzato l'Arcivescovo Visconti a riunire nello "Spitale Nuovo" tutti gli ospedali e presìdi sanitari della città, da cui la denominazione di "Spedali Riuniti". Il governo dell'ospedale fu affidato ai frati ed al loro Superiore, detto Maestro o Rettore, aiutati dalle pie donne che avevano fatto voto di rinuncia alla vita mondana per dedicarsi completamente all'assistenza degli infermi, da cui il nome di oblate o suore di S. Chiara. Nel periodo del Granducato mediceo esso passò sotto la giurisdizione dell'ospedale di Santa Maria Nuova di Firenze, per poi ritornare autonomo nel 1771. Notevoli furono gli ampliamenti sotto il governo di Pietro Leopoldo, così come lo sviluppo ottocentesco legato all'evoluzione delle scienze mediche e anatomiche dell'Università pisana. Con l'avvento dell'unità d'Italia il Ministro Rattazzi stabilì una maggiore partecipazione del Comune alla gestione dell'ospedale e nel 1884 il Comune di Pisa nominò il primo Consiglio di amministrazione. Gli Spedali riuniti, almeno dal XVIII secolo accolsero anche malati di mente.
Già nel Nuovo Regolamento del Regio Spedale di Santa Chiara e Trovatelli di Pisa, del 27 febbraio 1784, erano previste stanze di deposito all'interno dell'ospedale, funzionali all'ingresso dei malati e alla loro successiva destinazione. Tra queste si faceva riferimento ad un "luogo appartato" dove tenere i "deliranti e idrofobi". Risale al 1836 il primo progetto organico per la costruzione di due stanze rivolte specificatamente a deposito di dementi e carcerati, costruite dall'ospedale a proprie spese.
Nel 1845 furono approvate dettagliate regole per l'osservazione nelle stanze, che prevedevano la presa in carico del paziente da parte del medico astante e successivamente l'intervento del professore curante, del professore di fisiologia e patologia e del primo infermiere come coordinatore e moderatore. La diagnosi e il percorso terapeutico dovevano essere approvate all'unanimità o a maggioranza, altrimenti si procedeva con una nuova visita.
Nello stesso periodo fu presentato un ampio programma per la ristrutturazione complessiva dell'ospedale, dove si faceva riferimento alla costruzione di nuove camere separate per dementi. Il progetto venne abbandonato per mancanza di fondi. Riproposto nel 1851 con alcune varianti, venne approvato l'anno successivo dal governo. Lo spazio destinato all'osservazione dei malati di mente, edificato in tale occasione, fu oggetto di continue lamentele da parte dei medici a causa delle pessime condizioni di degenza degli assistiti, limitanti anche per il lavoro degli specialisti.
In questo periodo, la permanenza nelle stanze di osservazione era prevista per 15 giorni, tempo considerato utile per formulare una diagnosi e decidere se il paziente dovesse tornare a casa come guarito, essere affidato alla custodia domestica oppure internato in manicomio. I tempi certi avevano ragioni economiche, ma anche nosologiche e di tutela dei diritti di libertà civile e personale dei pazienti. Le stanze erano concepite non come un'anticamera al ricovero manicomiale, ma come un'opportunità di assistenza, cura e studio clinico, per un personale specializzato e pazienti alternativi rispetto a quelli asilari.
Le persone vi arrivavano spontaneamente, inviati da parenti, conoscenti o segnalati dalle autorità giudiziarie. Il provvedimento di ricovero emanato dal Tribunale collegiale di prima istanza -
Dalle stanze passavano annualmente più di 200 pazienti, che vi rimanevano anche oltre i tempi previsti. In un periodo dove ancora non esistevano strutture dedicate specificatamente ai minori con problemi psicomotori, tali sezioni si facevano anche carico dei bambini al di sotto dei 12 anni, per i quali la legge non prevedeva il ricovero in manicomio.
All'interno delle stanze nacque, nel 1886, il Gabinetto di medicina legale e psichiatria, successivamente Clinica delle malattie nervose e mentali dell'Università di Pisa, la cui direzione fu affidata al Dott. Sadun. Il reparto continuò a funzionare con varie denominazioni anche successivamente, almeno fino agli anni Venti del XX secolo, diretto dallo stesso clinico universitario.
L'ospedale attualmente è diventato Azienda ospedaliero-